למשמעות (2) נמצאה מקבילה בפיניקית: 𐤓𐤐𐤀𐤌 (רפאם, בכתיב חסר שבחסרים), בכתובות הקבורה הפיניקיות של תבנת ואשמנעזר מלכי צידון מופיע המונח "רפאים" במסגרת קללה למי שיפתח את הקבר, שלא ייקבר עם המתים: "אל יהיה לך [...] משכב עם רפאים", "אל יהיה להם משכב עם רפאים ואל יקברו בקבר".[1][2] בכתובות דו־לשונית נאו־פונית ולטינית נמצא המונח "לעלנם אראפאם"[3] כמקביל ל־"D(is) M(anibus) SAC(rum)", במשמעות "לְאלי רוחות המתים".[1][4]
גם באוגריתית נמצאה מקבילה: 𐎗𐎔𐎜𐎎 (רפאֻם) או 𐎗𐎔𐎛𐎎 (רפאִם), ומשמעותה אלים זוטרים של רוחות המתים, בכמה הקשרים שפירושם קשה והדעות נחלקות לגביו.[5][6] הכינוי של דנאל מעלילת אקהת האוגריתית, "דנאִל מת רפאִ" (דנאל איש הרפא) מעלה את האפשרות שגם באוגרית נודעו הרפאים כעם קדום.[7] ייתכן אפוא שהרפאים באוגרית היו שבט של בני אדם גבוהים וחסונים, בשר ודם, שיוחסו להם אף אלוהויות זוטרות; וייתכן שפרשנות זאת מתאימה גם לרפאים במקרא.[8] עם זאת, דעה אחרת היא שמשמעות הכינוי של דנאל היא שהוא היה רופא.[9]
"רפא" מופיע כמרכיב בשמות אוגריתיים, וכן בשמות מקראיים (כגון רפאל) ואמוריים.[7]
יתכן שגם "יְלִידֵי הָרָפָה" המוזכרים בשמואל ב׳ כא, פסוקים טז–כב הם מאותו הענין,[10] אך בהמשך נכתב "הוּא יֻלַּד לְהָרָפָה" ו"אֵלֶּה יֻלְּדוּ לְהָרָפָה" וכתיב זה עשוי להצביע על כך שהאות ה' בתחילת השם היא חלק בלתי נפרד מהשם.
בתרגום השבעים "רפאים" תורגם gígantas) γίγαντας) - ענקים, ולדעת חלק מהחוקרים אין הכוונה לתואר גרידא, אלא לענקים מהמיתולוגיה היוונית שנלחמו באלי האולימפוס.
חז"ל (בראשית רבה כו,ד) גזרו את שמם מצד שגורמים רפיון: "רפאים- שכל מי שרואה אותן נרפה כשעוה". ובאופן דומה פירש שד"ל (דברים ב,יא): "רפאים- להיותם מפחידים רואיהם כמו המתים הנקראים רפאים כשנראים לבני אדם". פירוש אחר שהוצע, שהאומה הזו נקרא "רפאים" משום שהם כולם מתו לפני שעם ישראל הגיע לארץ ישראל.[11] אחרים הקבילו לשורש ר־ב־בא בהוראת: גדול (רַב).