עברית חדשה אונייה בצי או בשייטת, בדרך כלל הגדולה או החדישה ביותר, בה נמצא קצין דגל המפקד על הכוח.
אה"מ "ויקטורי" הייתה אוניית הדגל של אדמירל נלסון בקרב טרפלגר.
”סיילי, פקיד פלוגת אניות הצי, קבל פקודה לקחת על שכמו משרת פקידות העסקדרה [...] ויצא בים באניה „ברוקלין‘ בתור אנית הדגל.“ ("המליץ", 28 במרץ 1898, באתר עיתונות יהודית היסטורית)
האונייה הגדולה והחדישה ביותר בצי אוניות הנוסעים של חברת ספנות.
"אואזיס אוף דה סיז", אוניית הדגל החדשה של חברת "רויאל קאריביין", הושקה ב-2009.
בהשאלה כינוי למוצר המשובח או היוקרתי ביותר של חברה מסחרית או ארגון.
בושם זה הוא אוניית הדגל של חברת התמרוקים, והכניס לה רווחים גדולים ביותר.
מקור השם בנוהג הקדום להניף על תורן האונייה את נס האדמירל המפקד על הצי ונמצא בה, כדי להבדילה משאר האוניות. אדמירל או קצין בכיר מתקבל עם עלותו לאונייה במשמר דופנתי, שבמהלכו מונף נס האדמירל או נס הקצין הבכיר על התורן הראשי מצדו הימני.
